La disparition des cigognes étant due à une destruction pendant leur migration, le premier travail des centres de réintroduction est d'enlever l'instinct migratoire de ces oiseaux tout en leur permettant de voler et de se reproduire sur place dès que leur instinct migratoire a disparu. Le manque de proies dans nos régions froides qui pousse les cigognes à migrer est pallié par une distribution de nourriture à profusion. En revanche, les températures basses ne gênent en rien ces animaux robustes.
Il est naturellement impossible de capturer chaque été les cigognes pour les enfermer jusqu'au printemps. Le seul moyen de les fixer définitivement sur place est donc de leur supprimer définitivement leur instinct migratoire. Or la cigogne perd celui-ci au bout de 3 ans de sédentarité forcée. C'est ainsi que le Parc des Cigognes à Hunawihr (en Alsace) et d'autres centres qui ont suivi la même méthode (comme le domaine de Lindre-basse en Moselle) ont donc prélevé une partie des oeufs et élevé les jeunes à la main. Lorsqu'ils atteignent l'âge de l'envol, les cigogneaux sont placés dans une immense volière où ils sont gardés 3 ans, isolés par un vaste filet, véritable espace naturel protégé.
Les cigognes sont ensuite relâchées; elles peuvent alors voler librement et aussi bien que les individus sauvages. Les sujets d'enclos peuvent s'accoupler avec des sujets sauvages : ces derniers continueront à migrer, laissant sur place leur partenaire. Les jeunes, qu'ils soient issus de couples d'enclos ou de couples mixtes conserveront leur instinct de migration et iront hiberner en Afrique. Il faut donc imposer à chaque génération une résidence surveillée de 3 ans.
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