Mis à part les animaux sédentarisés par l'action de l'Homme (ceux qui sont gardés pendant 3 ans de suite dans des volières où on les nourrit manuellement et où ils perdent leur instinct migratoire), la cigogne blanche est un oiseau migrateur. C'est ainsi que vers le mois d'août, avant l'arrivée de la mauvaise saison, elle nous quitte pour les pays chauds. Les jeunes cigognes y restent deux ans et demi et reviennent dans leur région d'origine lorsqu'elles ont atteint leur maturité sexuelle. Les cigognes adultes, quant à elles, reviennent chaque printemps. Contrairement aux idées reçues ce phénomène n'est pas dû aux mauvaises conditions climatiques, mais à un manque de nourriture pendant la mauvaise saison.
Le baguage des cigogneaux se pratique en général quand ils atteignent cinq à six semaines: il ne faut pas qu'ils soient trop petits (pour des raisons évidentes) ni trop grands (ils risqueraient de vouloir s'échapper du nid et de tomber). Le bagueur assermenté leur couvre la tête (en général avec un petit sac de jute) pour qu'ils n'aient pas trop peur et, à l'aide d'une pince, accroche une bague à chaque patte:
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Les cigognes blanches utilisent les courants d'air chaud pour se déplacer, ce qui ne les empêche pas de parcourir entre 300 et 400 km par jour. Elles rallient notre région au Mali en une vingtaine de jours ! Pour voler sur de longues distances, les cigognes ont besoin des courants ascendants. De ce fait, tout survol de la mer Méditerranée leur est impossible. L'aire de répartition des cigognes en Europe est scindée en deux parties : la première couvre une grande partie de la péninsule ibérique, la seconde le centre et le sud-est de l'Europe ainsi que la Russie blanche. Une "zone de démarcation" sépare l'Europe centrale en 2 populations migrant soit par le sud-ouest pour franchir le détroit de Gibraltar, soit par le sud-est en traversant le Bosphore pour rejoindre les quartiers d'hivernage respectifs en Afrique occidentale (ce qui est le cas de la cigogne d'Alsace) et en Afrique de l'est jusqu'en Afrique du sud.
